學校歷史
本校初創由前村長 彭相增 先生(現任鄉民代表)積極推動，前鄉民代表林萬江 先生努力爭取，蔡課長樹枝先生合力捐助，前鄉長 邱雲海 先生捐地，蒙前縣長吳 金玉先生支持，村民曾文星、林四妹捐地20335公頃尊定校基，後由朱新京鄉長協助、徐平南村長策動，建校更趨積極。再經歷任校長教職員公苦心擘劃經營，得歷任家長會長與地方人士熱心支助，以及上級政府領導推行國教，使本校逐漸擴展，在二十年中增加三倍，在鄉間已屬頗具模一所鄉村學校。
本校前期乃瑞豐國民學校，於民國37年春在瑞源村所設立之分班，三年後升格為分校。43年8月奉准獨立為瑞源國民學校，直至57年秋，全國實施九年國教，始改定今名為「台東縣鹿野鄉瑞源國民小學」。
本校首任校長湯其傑氏，翌年湯氏調出，由王添丁君繼任，又隔二年王君亦奉調，縣府派彭榮漢先生接長，逾兩載由當地青年徐振武先生出任校長，55年秋王添丁再度返任校長，迨至60學年度，始調何杰先生為現任校長。
本校初創僅有五班級，學生不過224人，校舍亦僅有四間，二十年來經歷任校長苦心擘劃經營，於今學校已擴展為智類學校，現有十六班，學生數達684名，在鄉間已屬頗其規模一所鄉村學校。
本校50年曾為提高學區內學齡兒童就學率起見，特在寶華山設分班一所，沿至56年自立設校。民國57年復在興隆山區設分校及竹林分班，今秋（63）因行政區域劃分將竹林分班改隸於鸞山國民小學。
本校位於花東鐵路，途經之地，環境幽雅，校園遼闊，教育設施尚稱先備，先後被縣教育行政當局指定為保防教育、自然科學，重點輔導等任務學校，在地方人士、社區民眾、學生家長，以及全校教職員工同心協力之下，對所教導、學于均能成為德、智、體、群四育均衡之學生，今後仍依照國家教育方針，次第付諸實施，庶幾無負興學育才之至意焉！（63年創校二十週年紀念寫）
87學年，教育部於世界教育改革浪潮的推動下，開始了小班教學精神計畫的推廣，瑞源國小為台東縣三分之一首次辦理的學校之一，88學年度，教育部再推出國民教育階段九年一貫課程的試辦，瑞源國小亦因實施小班教學精神計畫獲得縣府及教育部的肯定，而受推薦成為全縣四所試辦學校（含東大實校）之一。89年繼續試辦計畫，90年正實施九年一貫課程！期間教師們因為各項教改推廣工作而在教育專業領域上有相當的成長，同時突破了過去傳統的教學方式，讓學生在生動有創意的教學活動中快樂的學習！教育的希望工程需要每位教師、家長的參與、認同，瑞源國小於此，也奠定了朝教育方向發展的基礎，相信瑞源國小的未來，也會在全體教職員工及社區家長的支持下，更見卓越！
1.民國37年3月本校創為瑞豐國民學校瑞源分班，校長鍾鳳財氏，班主任邱錄光先生設於大原段四二一~四三及四二一~四四號，計校地0.77入甲，並接用日據木造瑞源集會所為教室。
2.民國40年8月奉令改為瑞豐國民學校瑞源分校，校長仍為鍾氏，分校主任為黃宣富先生，當時地廣人稀，西部遷入者日多，兒童數亦激增，地方人士鑑於此，乃自動出資興建木造瓦頂教室二間。
3.民國43年8月1日本校奉令獨立，正名為台東縣鹿野鄉瑞源國民學校，首任校長為湯其傑氏，學生224名編為五班，同年村民曾文星、林四妹二人捐地大原段四二一~三一，四二一~三七，四二一~三八，四二一~三九等四筆，計二、九、六、五甲充為新校址(現址)，學區含瑞源全村(包括新良.後湖.木坑)同年於新校址興建鋼筋水泥教室二間，以奠本校基柱，44年建鋼筋水泥教室三間(包括玄門、普通教室、音樂教室、校長室)木造瓦頂廁所一棟(現改倉庫)；46年續建鋼筋水泥教室三間(現專科教室)；47年辦理建造水泥差價鋼筋教室二間(現普通教室)；49年興建木造廚房一間，50年建四柱水泥校門及完成自來水設備。
4.本校鑑於木坑地區學童日益增多，且須涉水卑南溪，乃於50年8月設立木坑分教室一班，於寶華山借用民房上課，51年8月改為寶華山分班。
5.民國58年奉令為關山區國民學校保防教育中心學校，同年再建鋼筋水泥教室二間及標準廁所一棟。
6.民國53年續建鋼筋水泥教室一間，同年八月奉令為實施重點輔導學校。
7.民國54年8月1日寶華山分班改為寶華分校。
8.民國55年1月組成幼童軍團，登記為中國童子軍台灣省台東縣第十七團。同年9月1日校長徐振武奉調，由王添丁氏接任。同年8月建鋼筋教室兩間，59年8月建廁所。
9.民國56年8月1日寶華分校奉令獨立為寶華國民學校。57年8月建鋼筋教室兩間，廁所一間。
10.民國57年8月奉令成立興隆分校，主任李貴林先生。本校增兩班，58年8月分校增一班，本校減兩班。
11.民國60年8月興隆增一班為分校，內設竹林分教室一班，本校減一班。同年11月校長王添丁奉調由何杰接充。
12.民國62年8月奉令改重點輔導學校為中心國民小學。本班減一班，同年9月奉派張榮標先生為分校主任。
13.民國62年22月興隆分校主任張榮標調充本校教導主任，遺缺由陳宗雄先生接充。
14.民國63年8月竹林分教室改隸於鸞山國民小學，減一班。創校二十週年紀念。
15.民國63年8月奉令學校行政改制，設教務、訓導、總務三處，處設主任一人，教務處下設課務、註冊組，訓導處下設生活、體衛組。
16.民國64年8月奉減一班，本校十二班，分校兩班，全校共十四班，同年3月5日學校裝設電話「鹿野64號」，學校無護士編制占教師實缺。
17.民國65年11月校長任期屆滿，奉令連任。
18.民國66年9月1日縣府派蔡春星為興隆分校主任。
19.民國66年6月30日新建標準廚房一座。
20.民國67年5月30日修建平頂教室十間及沖水式廁所一棟。
21.民國67年8月1日興隆分校減班，改分校為分班，蔡主任他調。
22.民國68年8月1日寶華國小改為本校分校，設三個班級。
23.民國69年8月1日興隆分班奉令撤銷。
24.民國72年9月1日何校長他調，黃道修校長接充。
25.民國76年9月1日黃校長他調，由劉昭明校長接任。
26.民國85年9月1日劉校長退休，由李正義校長接任。
27.民國83年完成整建國民中小學教育設施第一期工程，項目包含：1、修建教室2、修建教師宿舍3、視聽設備4、飲用水設備5、音樂教室設備。
28.民國84年榮獲鹿野鄉全民暨後備軍人運動會國小女子田徑賽亞軍。
29.民國85年執行教育優先區計畫－單宿舍相關工程、運動場設備、綜合球場設備。
30.民國86年建置電腦教室(含設備)一間。完成教育優先區廚房修建工程。
31.民國87年執行小班教學精神計畫，編輯「校園步道學習單」共二輯出版。獲國民教育階段。
32.民國87年為協助學習有困難的學生，設立資源班。
33.民國87年完成整建計畫修建教室工程。同年獲市民代表會主席盃少年籃球錦標賽小男組冠軍。
34.民國88年完成運動場填土排水護坡工程。同年參加鹿野鄉全民運動大會暨原住民技能活動，榮獲國小女生組田徑錦標亞軍、國小男生組田徑錦標亞軍。
35.民國88年，試辦「國民教育階段九年一貫課程」。
36.民國89年，第二年試辦「國民教育階段九年一貫課程」，編輯學校本位課程成果共三冊，獲教育部評定實施小班教學精神計畫特優學校。
37.民國90年，正式實施九年一貫課程，獲教育部瓶定試辦九年一貫課程優等學校。同年參加鹿野鄉全民暨原住民運動會，獲國小男子、女子組田徑冠軍、國小組田徑總冠軍，於中小學聯運則獲小女仁組田徑殿軍、國小仁組精神錦標冠軍。
38.民國91年8月1日李正義校長榮調康樂國小，由吳秀金校長接任。
39.民國91年獲中等學校暨國小聯合運動會田徑總錦標、國小男子仁組冠軍、國小女子仁組第四名。
40.92學年因教育經費配置，原資源班停辦。
41.92學年防漏工程，於校舍樓頂興建斜式防熱防漏屋頂。
42.民國93年獲中小聯運田徑項目國小男仁組亞軍。
43.93學年全面更新電腦教室學生電腦計33部。
44.94學年校務評鑑榮獲特優。
45.95學年吳秀金校長連任本校校長。
46.民國98年8月1日吳秀金校長榮調太平國小，由李治國校長接任。
47.民國100年本校榮獲第一屆全國閱讀典範學校殊榮。
48.獲選為教育部101年度閱讀盤石學校。
49.本校射箭隊奪得102年度青年盃全國射箭比賽國小男子團體組冠軍。
49.民國102年8月1日李治國校長榮調豐源國小，由張鳳珠校長接任。
∼持續發光中∼